I když Podyjí patří svou rozlohou mezi menší národní parky, hodnotou přírodního a kulturního bohatství i malebností krajiny právem náleží k nejvýznamnějším územím této kategorie.
Charakteristika krajiny
Celý park byl a dodnes je značně lesnatý. V současnosti pokrývají lesy téměř 65% parku, jejich původní charakter je však v rovinných partiích nad kaňonem Dyje silně pozměněn výsadbou jehličnatých monokultur. Přirozený charakter lesních porostů zůstal zachován především na svazích dyjského kaňonu a jeho postranních údolí. Přirozená vegetace se zde mění vlivem nadmořské výšky a klimatu. Ve vyšší a poněkud chladnější západní části území převažují jedlobučiny a bukové doubravy. Pro nižší a teplejší východní část, ležící navíc ve srážkovém stínu, jsou vedle dubohabrových hájů typické i kyselé a teplomilné doubravy, přecházející na výslunných svazích údolí Dyje v zakrslé doubravy a lesostepi. Na skalních plošinách a hranách bývají řídké reliktní bory, dolní partie svahů jsou porostlé suťovým lesem.Geologický popis
Geologicky lze území rozdělit zhruba na tři části. Západní část je tvořena pruhem starohorních rul a fylitů, střední obsahuje kromě toho i krystalické vápence a chloritické břidlice. Východní část je tvořena především vyvřelými žulami, které jsou zčásti překryty devonsko-karbonskými břidlicemi a drobami, na okraji i pískovci karpatského flyše. Ze čtvrtohor pocházejí náplavové hlíny a štěrkopísky v záplavovém území Dyje, na jihovýchodě území i spraše.Flóra
Květena parku je velmi rozmanitá. Pro dubohabrové háje je typickým druhem ostřice chlupatá a vzácný brambořík nachový. Pozoruhodný je také výskyt okrotice bílé a vemeníku zeleného. Na vlhčích místech je častá lilie zlatohlavá, lýkovec jedovatý a kostival hlíznatý, vzácně i naše největší orchidej - střevíčník pantoflíček. Pro bučiny a suťové lesy je typická kyčelnice devítilistá, kyčelnice cibulkonosná a aron plamatý. Vzácná je zde naopak měsíčnice vytrvalá, kýchavice černá a tis červený. Nejbohatší jsou teplomilné doubravy a lesostepi s dřínem, skalníkem celokrajným, třemdavou bílou, kavylem Ivanovým, hvězdicí chlumní, kosatcem dvoubarevným a vzácně i s diviznou ozdobnou a volovcem vrbolistým.Fauna
Rovněž fauna parku je pozoruhodná. Pro menší i větší obratlovce má značný význam především rozsáhlý lesní komplex v členitém údolí Dyje, kde žije např. hranostaj, kuna skalní, jezevec lesní a zvláštní rasa jelena evropského, u vody pak vzácně i vydra říční. Z bohaté ptačí fauny stojí za zmínku dudek chocholavý, ledňáček říční, výr velký a vzácně i čáp černý. V minulosti zde hnízdil také sokol stěhovavý. Zvláštností parku je užovka stromová. Ve vodách Dyje žije kromě pstruhů, lipanů a sivenů i hlavatka podunajská a ostroretka stěhovavá. Teplomilné trávníky a vřesoviště jsou životním prostředím četných zástupců hmyzu (např. kudlanky nábožné), z plazů zde žije např. ještěrka zelená a užovka hladká.
